Werner Bischof è nato in Svizzera. Ha studiato fotografia con Hans Finsler nella sua nativa di Zurigo presso la Scuola di Arti e Mestieri, poi ha aperto uno studio fotografico e pubblicitario. Nel 1942 è diventato un freelance per la rivista Du, che pubblicò i suoi primi saggi di fotografia più importanti nel 1943. Bischof ha ricevuto il riconoscimento internazionale dopo la pubblicazione del suo reportage del 1945 sulla devastazione causata dalla seconda guerra mondiale.
Negli anni successivi, Bischof ha viaggiato in Italia e in Grecia per Swiss Relief, un'organizzazione dedicata alla ricostruzione post-bellica. Nel 1948 ha fotografato le Olimpiadi Invernali di St Moritz per la rivista LIFE. Dopo i viaggi in Europa Orientale, Finlandia, Svezia e Danimarca, ha lavorato per Picture Post, The Observer, Illustrated, e Epoca. E 'stato il primo fotografo ad iscriversi alla Magnum insieme ai membri fondatori nel 1949.
Non amando la "superficialità e il sensazionalismo" del business legato alle riviste, ha dedicato gran parte della sua vita lavorativa alla ricerca dell'ordine e della tranquillità nella cultura tradizionale, cosa che non l’ha fatto apprezzare particolarmente dagli editori. Tuttavia, è stato inviato dalla rivista Life per un reportage sulla carestia in India (1951), e ha continuato a lavorare in Giappone, Corea, Hong Kong e Indocina. Le immagini di questi reportage sono state utilizzate per le maggiori riviste in tutto il mondo.
Nell'autunno del 1953, Bischof creò una serie di fotografie a colori composte principalmente degli Stati Uniti. L'anno successivo viaggiò in Messico e Panama, poi in una remota parte del Perù, dove si occupava di fare un film. Tragicamente, Bischof è morto in un incidente stradale nelle Ande il 16 maggio 1954, solo nove giorni prima che il fondatore di Magnum, Robert Capa, perse la vita in Indocina.