Il Memoriale della Shoah, che si estende complessivamente su una superficie di circa 7.000 mq, si sviluppa su due piani, piano terreno e piano interrato, ed è caratterizzato dal rispetto della morfologia originaria del luogo al fine di mantenere la specificità dell’identità del sito di deportazione. Si tratta di un sistema di spazi integrati in sequenza, che delineano un percorso che ha inizio con la "Sala delle testimonianze", riempita dalle voci dei sopravvissuti sino a giungere allo spazio di manovra dei vagoni, chiamato "Binario della Destinazione ignota", per concludere con il "Muro dei Nomi", emblema del ricordo del dramma della Shoah. Il percorso del Memoriale termina con il Luogo di Riflessione, un allestimento a forma troncoconica con diametro di circa 10 metri, isolato rispetto agli altri spazi del Memoriale per favorire il raccoglimento dei visitatori. Il Luogo di Riflessione incarna la necessità di ricordare la tragedia dello sterminio e l'importanza di rielaborarla internamente, per farla propria e trasmetterla così alle generazioni future.
Per questo motivo, proprio questo luogo rappresenta il collegamento tra le due aree del Memoriale e del Laboratorio della Memoria. Dopo essere stato nel Luogo della Riflessione, infatti, il visitatore ha accesso alla biblioteca e agli altri spazi del Laboratorio: dalla percezione alla rielaborazione. Nel Laboratorio della Memoria è situata la Biblioteca, che potrà ospitare fino a 45.000 volumi.
Vi è poi l’Auditorium Joseph e Jeanne Nissim, che si estende per 30 metri e ha una capienza di 200 posti, destinato ad accogliere gruppi e scolaresche in visita.