La band viene fondata nel 1989 sotto il nome Morbid God a Amadora non lontano da Lisbona da Fernando Ribeiro (voce) e João Pedro (basso), al tempo la band si orientava maggiormente su sonorità black metal. Il gruppo registra demo ed EP fino al 1992 quando decidono di adottare la denominazione attuale. Continuano a sperimentare, e nel 1993, registrano il demo Anno Satanae. Nel 1994, fanno la loro prima importante apparizione, aprendo il concerto dei Cradle of Filth a Lisbona. Poco prima, la band aveva inciso il suo primo mini-album (Under the Moonspell). L'anno successivo i Moonspell firmano con la Century Media incidendo il loro primo album Wolfheart.
È però con Irreligious che arriva il successo: il singolo Opium è inserito in diverse compilation ed il video è oggetto di diversi passaggi televisivi. Questa traccia resta una delle più conosciute del gruppo, ed è spesso usata per chiudere i concerti.
Nel 2001, il gruppo che canta quasi esclusivamente in inglese, fa un'eccezione riprendendo un fado dei Madredeus, Os Senhores da Guerra.
Nel 2003, il gruppo riprende il pezzo jazz I'll See You In My Dreams per la colonna sonora dell'omonimo film dell'orrore portoghese. Il loro ultimo album, The Antidote è stato all'origine del romanzo omonimo dello scrittore José Luis Peixoto. Nel gennaio 2005, Fernando Ribeiro ha pubblicato una raccolta di poesie intitolata Le Ferite Essenziali.
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