Dopo la laurea in giurisprudenza, conseguita all'Università degli studi di Palermo, esercitò la professione di sostituto procuratore della Repubblica, e fu pubblico ministero al primo maxiprocesso, diventando, poi, Consigliere di Cassazione. Venne eletto alla Camera dei Deputati nel 1992, poco prima dell'omicidio di Giovanni Falcone e Paolo Borsellino, diventando deputato nelle file del Partito Repubblicano Italiano.
In seguito a Tangentopoli, che lo vide partecipare attivamente, ed alla crisi del PRI, Ayala passò ad Alleanza Democratica, confermando il seggio alla Camera dei deputati nel 1994. Dopo la scomparsa di AD aderì al progetto dell'Unione Democratica di Antonio Maccanico con la quale fu eletto al senato nel 1996 ma poi in corso di legislatura passò tra i Democratici di Sinistra, partito con il quale venne eletto senatore nel 2001 fino al 2006.
Sottosegretario al Ministero di Grazia e Giustizia durante il governo Prodi I, l'incarico gli fu riconfermato anche nei successivi governi D'Alema I e II.
Conclusa l'esperienza politica, rientra in magistratura (pur ritenendo inopportuno il passaggio dal parlamento al tribunale, che pure la legge consente).[1] Attualmente è consigliere presso la Corte di Appello dell'Aquila.
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