Il Museo è stato ristrutturato, su progetto di Adolfo Natalini, nel 1995. Il riordino della raccolta, curato da Anna Maria Giusti, segue un criterio tematico: nelle sale ricavate dal salone sono documentate le produzioni del periodo granducale mediceo e lorenese, nelle salette ottocentesche quelle del periodo postunitario. il piano rialzato del salone è dedicato alle tecniche di lavorazione: dal ricco campionario lapideo, ai banchi da lavoro, agli strumenti, fino alla esemplificazione didattica di alcune fasi di produzione di tarsie e di intagli. Si può in tal modo ripercorrere il processo completo, dall’ideazione all’opera finita, e scoprire i meccanismi più intimi di un affascinante episodio di storia artistica fiorentina.