Il Museo Archeologico, istituito nel 1870, fu collocato nell’attuale sede di Palazzo della Crocetta nel 1880. Il Palazzo fu costruito, probabilmente ad opera di Giulio Parigi nel 1620, per la granduchessa Maria Luisa d'Austria. Il Museo contiene una delle più importanti collezioni d'arte etrusca del mondo, mentre la collezione delle Raccolte egizie è la più importante d'Italia dopo quelle di Torino.