È cresciuta nella Contea di Meath, in Irlanda; si è poi trasferita a Dublino per studiare storia dell'arte al Trinity College, senza però concludere gli studi. Si appassiona alla musica attraverso l'ascolto di Maria Callas, ma la sua attività ha inizio grazie ad un incontro fortuito con Damien Rice, che la invita a cantare nei propri spettacoli. La collaborazione andrà avanti per circa sette anni, fino al 2007. Durante questo periodo, Lisa partecipa come corista o seconda voce a tutte le registrazioni di Rice, in particolare i due album O e 9. Nel primo album è presente anche la traccia nascosta Silent Night, con un nuovo testo composto e cantato dalla Hannigan sulla base della melodia tradizionale.
Contemporaneamente, al fianco di Damien Rice o senza di lui, collabora con svariati artisti, tra cui Mic Christopher, Herbie Hancock, i Frames di Glen Hansard. La sua è una presenza importante anche nel progetto benefico The Cake Sale, ad opera di un collettivo di artisti irlandesi, nell'ambito di una campagna dell'organizzazione non governativa Oxfam a favore del commercio equo e solidale.
Parallelamente all'attività musicale, ha portato avanti dei progetti teatrali con una compagnia da lei stessa fondata, The Cowardly Lion Theatre Group.
Il 25 marzo 2007 un comunicato sul sito ufficiale di Damien Rice annunciava che il rapporto professionale tra lui e Lisa era giunto al termine, e che la cantante avrebbe avviato una carriera solista. Rice ha attribuito questa decisione alle divergenze sempre maggiori tra i loro stili di composizione, ma tempo dopo si è detto pentito della scelta fatta. Lisa Hannigan, nel luglio 2009, ha dichiarato che la rottura del rapporto "è stata la cosa migliore che mi sia mai capitata, costringendomi ad andare avanti e a crescere come artista".
Fonte: Wikipedia
